灭菌柜采用的灭菌方法有很多，本设备采用的是湿热灭菌。湿热灭菌柜设备采用饱和蒸汽灭菌，灭菌工艺分为准备、升温升压、保温保压灭菌、排汽冷却等几个步骤，灭菌工艺温度用温度计表示。 结构简单，具有双层套，可以防止罐壁凝结成水，可以预热和干燥加热，有利于连续灭菌，缩短预热时间。 用加热蒸汽轻于空气自上而下排出非凝缩性空气，以免意外前后设置灭菌车出入口。 但热分布热渗透效果差，冷爆率高。
在升温准备阶段，灭菌柜的套管先引入蒸汽，使套管升温到121，同时加热套管内部的空气。 通过套管升温作用的内室升温为蒸汽时，蒸汽接触的内壁和内部空气冷凝而不形成水。 (不升温，热蒸汽、冷内壁和空气接触产生冷凝水，存在内腔温度不均匀、灭菌物干燥度不充分等问题)。
在升温阶段，可以用真空泵利用水流排出灭菌箱内的冷空气，在达到负压状态的同时，排出灭菌物内部的空气。 然后投入饱和热蒸汽，迅速渗透到物体内部，可以得到饱和蒸汽置换空气的效果。 重复这三次或四次，空气置换会比较*，温度会上升到121。
灭菌阶段，灭菌阶段连续投加少量饱和蒸汽，排除部分蒸汽，内室温度保持在121，内室压力约110KPa左右。 在高温和高压的作用下，使微生物蛋白变性凝固失活达到灭菌要求。
在干燥阶段，先抽真空释放内部蒸汽，再补充过滤后的热压缩空气。 (灭菌柜有换热器和除菌过滤器，压缩空气进入内腔先经除菌过滤器过滤，再经换热器加热进入设备内腔。 如果不加热，冷压缩空气进入内腔使蒸汽凝结成水，如果不过滤，就会引入细菌，灭菌失败)重复几次，达到干燥效果。
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